ماده 5- ارکان مؤسسه:

الف: هیأت امناء

ب: شورای سیاست‌گذاری و راهبری

ج: کمیته اجرایی کشورهای اسلامی

د: رئیس

ه: شورای پژوهش و فناوری

ماده 6- ترکیب هیأت امناء مؤسسه:

1. وزیر علوم، تحقیقات و فناوری (رئیس هیأت امناء)
2. رئیس «مؤسسه» (دبیر هیأت امناء)
3. رئیس سازمان برنامه و بودجه یا نماینده وی
4. چهار تا شش نفر از شخصیت‌های علمی- فرهنگی کشور برای ایفای نقش مؤثر در توسعه و پیشرفت «مؤسسه»

تبصره 2: اعضای مذکور در ردیف 8 به پیشنهاد رئیس «مؤسسه»، تأیید و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای مدت چهار سال منصوب می‌شوند.

تبصره 3: حداقل دو تن از شخصیت‌های مذکور در ردیف 4 باید از اعضای هیأت‌علمی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری کشور باشند.

ماده 7- وظایف و اختیارات هیأت امناء مؤسسه:

1. تصویب آیین‌نامه‌ داخلی هیأت امناء
2. تصویب برنامه جامع و اساسنامه مؤسسه و اصلاحات بعدی آن
3. پیشنهاد نمودار سازمانی و تشکیلات «مؤسسه» به وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای سیر مراحل تصویب قانونی
4. تصویب آیین‌نامه‌های مورد نیاز «مؤسسه» از قبیل آیین‌نامه‌های مالی- معاملاتی، اداری، استخدامی و تشکیلاتی، سفرهای علمی، بورس‌های تحصیلی و فرصت‌های مطالعاتی که پس از تأیید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری قابل اجرا خواهد بود.
5. بررسی و تصویب سیاست‌ها و بودجه سالیانه و تفصیلی «مؤسسه» که از طرف رئیس «مؤسسه» پس از تأیید شورای پژوهش و فناوری «مؤسسه» پیشنهاد می‌شود.
6. تصویب حساب‌ها و ترازنامه سالیانه «مؤسسه»
7. تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن با رعایت ضوابط و مقررات مربوط
8. کوشش برای جلب کمک‌های مالی و امکانات از اشخاص حقیقی و حقوقی با رعایت ضوابط و مقررات مربوط
9. پیشنهاد میزان فوق‌العاده‌های اعضای هیأت‌علمی «مؤسسه» به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری برای تأیید
10.  تعیین نحوه اداره واحدهای پژوهشی، آموزشی، خدماتی، کارگاهی و ... «مؤسسه» در چارچوب ضوابط و مقررات مربوط
11.  تعیین میزان پژوهانه، آموزانه، ترجمانه، نویسانه و نظایر آن با رعایت ضوابط و مقررات مربوط
12.  بررسی گزارش عملکرد سالیانه «مؤسسه» که از طرف رئیس «مؤسسه» ارائه می‌شود و اظهار نظر نسبت به آن

تبصره 4: جلسات هیأت امنای مؤسسه حداقل سالی دو بار تشکیل می‌شود و با حضور حداقل دو سوم اعضاء رسمیت یافته و مصوبات آن با حداکثر آراء حاضر در جلسه معتبر خواهد بود.

ماده 8- شورای سیاست‌گذاری و راهبری مؤسسه:

اعضای شورای سیاست‌گذاری و راهبری «مؤسسه» عبارتند از:

1. وزیر علوم، تحقیقات و فناوری (رئیس شورا)
2. معاون پژوهشی وزرات (نایب‌رئیس شورا)
3. رئیس «مؤسسه» (دبیر شورا)
4. معاون فناوری و نوآوری وزارت
5. رئیس مرکز همکاری های علمی بین المللی وزارت
6. معاون ذیربط معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری یا نماینده رسمی مرتبط
7. دو تن به انتخاب شورای عالی انقلاب فرهنگی
8. معاون تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی یا نماینده رسمی مرتبط
9. معاون ذیربط وزارت امور خارجه یا نماینده رسمی مرتبط
10.  معاون ذیربط وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی یا نماینده رسمی مرتبط
11.  معاون ذیربط سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی یا نماینده رسمی مرتبط
12.  نماینده سازمان کنفرانس اسلامی
13.  رئیس دفتر منطقه‌ای آیسسکو در تهران
14.  دبیرکل کمیسیون ملی یونسکو در ایران
15. نماینده کمیته اجرایی کشورهای اسلامی «مؤسسه»
16. دو تا پنج نفر از شخصیت‌های علمی- فناوری- فرهنگی کشور برای ایفای نقش مؤثر در توسعه و پیشرفت «مؤسسه»

تبصره 5: دبیر شورای سیاست‌گذاری و راهبری با حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری منصوب می‌گردد.

تبصره 6: عضویت نمایندگان حقیقی با حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری صورت خواهد گرفت.

تبصره 7: اعضای مذکور در ردیف 16 به پیشنهاد رئیس «مؤسسه»، تأیید و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای مدت چهار سال منصوب می‌شوند.

تبصره 8: جلسات شورای سیاست‌گذاری و راهبری  «مؤسسه»  حداقل سالی یک بار تشکیل می‌شود و با حضور حداقل دو سوم اعضاء رسمیت یافته و مصوبات آن با حداکثر آراء حاضر در جلسه معتبر خواهد بود.

ماده 9- وظایف و اختیارات شورای سیاست‌گذاری و راهبری مؤسسه:

1. تهیه و تصویب آیین‌نامه‌ داخلی شورای سیاست‌گذاری و راهبری «مؤسسه»
2. بررسی و تعیین سیاست‌های راهبردی و انسجام بخش فرادستگاهی ملی و بین‌المللی «مؤسسه»
3. تعیین برنامه‌های راهبردی «مؤسسه» در ارتباط با سیاست‌های ‌کلان پژوهشی و فناوری دولت جمهوری اسلامی ایران در سطح ملی و بین المللی
4. تسهیل و توسعه ارتباطات و تعامل «مؤسسه»  با کشورهای اسلامی و منطقه
5. تعمیم برنامه‌ها و خدمات استنادی «مؤسسه» در سطح دانشگاه‌ها، مؤسسات آموزشی و پژوهشی و فناوری جمهوری اسلامی ایران در سطح ملی و بین المللی
6. بررسی و تأیید شیوه‌نامه‌ها و برنامه‌های مرتبط با سیاست‌های فرادستگاهی ملی و بین‌المللی «مؤسسه»
7. زمینه‌‌سازی و اقدام برای ارتباط و حضور نشریات علمی ملی، منطقه و جهان اسلام در نظام استنادی «مؤسسه»
8. نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های مصوب و اصلاح و بازنگری در آنها

تبصره 9:  کلیه موارد مرتبط با سیاست‌گذاری ها و راهبرد های کلان «مؤسسه» بایستی (براساس مفاد ماده 7 )  به تصویب هیات امنا «مؤسسه» برسد.

ماده 10- ترکیب کمیته اجرایی کشورهای اسلامی:

1. نماینده «وزارت» (رئیس)
2. رئیس «مؤسسه» (دبیر)
3. نماینده سازمان آموزشی، علمی و فرهنگی اسلامی (آیسسکو)
4. نماینده سازمان اقتصادی هشت کشور اسلامی در حال توسعه (D8)
5. نماینده کشورهای اسلامی غرب آسیا
6. نماینده کشورهای اسلامی آسیای جنوب شرقی
7. نماینده کشورهای اسلامی آسیای مرکزی و منطقه قفقاز
8. نماینده کشورهای اسلامی قاره آفریقا
9. نماینده کشورهای عربی حوزه خلیج فارس
10. حداقل دو نفر از نمایندگان سایر کشورهای اسلامی

تبصره  10: نمایندگان کشورها و سازمان های بین المللی از طریق مکاتبه رئیس  «مؤسسه» با بالاترین مقام مرتبط آنها تعیین و سپس جهت صدور حکم به وزیر علوم ، تحقیقات و فناوری معرفی می گردند. 

ماده 11- وظایف و اختیارات کمیته اجرایی کشورهای اسلامی:

1. تهیه و تصویب آیین‌نامه‌ داخلی کمیته
2. تهیه سیاست‌ها و تدوین برنامه‌های علمی برای پیشبرد اهداف ‌«مؤسسه» در هر یک از کشورهای مناطق
3. اشاعه فرهنگ به کارگیری و استفاده از خدمات «مؤسسه» در هر یک از کشورهای مناطق
4. تهیه منابع علمی با همکاری هر یک از کشورهای مناطق برای نیل به اهداف «مؤسسه»
5. ارائه رهنمودهای لازم برای ساختاربخشی به نشریات علمی کشورهای مناطق
6. اشاعه فرهنگ استناد در سطح کشورهای مناطق
7. برگزاری کارگاه‌های آموزشی برای استفاده از «مؤسسه» به عنوان شبکه علمی کشورهای اسلامی
8. گسترش «مؤسسه» به‌عنوان ابزار مدیریت علم، فناوری و نوآوری برای تحلیل‌های استنادی و سنجش عملکرد پژوهشی، فناوری و نوآوری کشورهای مناطق
9. همکاری و همفکری در پیشرفت علمی و کسب مرجعیت علمی و فناوری
10.  ارائه رهنمودهای لازم برای تقویت دیپلماسی علم و فناوری

تبصره 11: جلسات کمیته اجرایی کشورهای اسلامی با دعوت رئیس کمیته و در یکی از نمایندگی‌های مناطق تشکیل می‌شود و تصمیمات آن با اکثریت اعضای حاضر در جلسه معتبر است.

تبصره 12:  کلیه موارد مرتبط با سیاست‌گذاری ها و راهبرد های کلان «مؤسسه» بایستی (براساس مفاد ماده 7 )  به تصویب هیات امنا «مؤسسه» برسد.

ماده 12- ترکیب شورای پژوهش و فناوری مؤسسه:

1. رئیس «مؤسسه» (رئیس شورا)
2. معاون پژوهشی «مؤسسه» (دبیر شورا)
3. معاون فناوری و نوآوری «مؤسسه»
4. سه تا هفت تن از اعضای هیأت‌علمی خارج از «مؤسسه»
5. یک تا چهار تن از معاونین ، مدیران گروه‌های ‌پژوهشی یا اعضای هیأت‌علمی داخل «مؤسسه»

تبصره 13: اعضای مذکور در بند 4 با حکم رئیس «مؤسسه» برای مدت چهار سال منصوب می‌شوند و انتصاب مجدد آنان بلامانع است.

تبصره 14:  حداقل دو تن از اعضای مذکور در بند 4 باید از میان پژوهشگران و صاحبنظران خارج از مؤسسه با معرفی رئیس مؤسسه و تایید معاون پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری انتخاب شوند.

ماده 13– جلسات شورای پژوهش و فناوری مؤسسه:

جلسات شورای پژوهش و فناوری هر ماه یک بار و با حضور حداقل دو سوم اعضاء با حضور رئیس شورا رسمیت می‌یابد و تصمیمات آن با رأی بیش از نصف کل اعضای شورا معتبر است.

ماده 14– وظایف و اختیارات شورای پژوهش و فناوری مؤسسه:

1. تعیین خط‌مشی و برنامه‌های علمی، پژوهشی و فناوری «مؤسسه» در چارچوب سیاست‌ها و مصوبات هیأت امناء و «وزارت»
2. تصویب دستورالعمل‌ها و شیوه‌نامه‌های داخلی و کمیته های پژوهشی و فناوری «مؤسسه»
3. بررسی و تصویب طرح‌های پژوهشی و فناوری «مؤسسه» در چارچوب سیاست‌ها و برنامه‌های مصوب هیأت امناء و نظارت بر کیفیت و حسن اجرای آنها
4. تصویب و بازنگری طرح های پژوهشی و فناوری «مؤسسه»
5. تعیین داور یا هیأت داوران طرح‌های پژوهشی و فناوری خاتمه‌یافته که از سوی معاون پژوهشی و معاون فناوری و نوآوری «مؤسسه» معرفی می‌شوند.
6. ارزیابی نتایج فعالیت‌های علمی، پژوهشی و فناوری «مؤسسه»
7. تأیید پیشنهاد تأسیس و انحلال گروه‌های پژوهشی و فناوری «مؤسسه» به منظور ارسال به هیأت امناء برای تأیید و طی مراحل قانونی
8. برنامه‌ریزی برای ایجاد و تعمیق ارتباط علمی ملی و بین‌المللی با سایر مؤسسات و مراکز آموزشی، پژوهشی و فناوری داخل و خارج کشور برابر ضوابط و مقررات مربوط
9. بررسی و تصویب برگزاری دوره‌های کوتاه‌مدت آموزشی و همایش‌ها و بازدیدهای علمی ملی و بین‌المللی
10.  تصویب شیوه‌نامه‌های سفرهای علمی، بورس‌های تحصیلی، فرصت‌های مطالعاتی و پژوهانه در چارچوب ضوابط و مقررات مربوط
11.  تصویب دستورالعمل اداره انتشارات برای نشر کتاب‌ها و مجلات در قالب‌های چاپی و الکترونیکی
12.  بررسی و پیشنهاد نیازهای تجهیزاتی، انتشاراتی، اطلاعاتی و علمی «مؤسسه» به رئیس «مؤسسه»
13.  تصویب دستورالعمل‌های تألیف و ترجمه کتاب و مقاله و نحوه انتشار نتایج فعالیت‌های علمی و پژوهشی «مؤسسه»
14. ارجاع برخی از موضوعات از سوی رئیس «مؤسسه» برای بررسی و اظهار نظر توسط  شورا

ماده 15 – رئیس مؤسسه:

رئیس «مؤسسه»، که نماینده قانونی «مؤسسه» نزد مراجع حقیقی و حقوقی است، از میان اعضای هیأت‌علمی کشور با انتخاب و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای مدت چهار سال منصوب می‌شود. انتصاب مجدد وی بلامانع است و تا زمانی که فرد جدیدی به جای وی منصوب نشده باشد همچنان به انجام وظایف و اختیارات قانونی خود ادامه می‌دهد.

ماده 16 – وظایف و اختیارات رئیس مؤسسه:

1. برنامه‌ریزی برای «مؤسسه»، هدایت و اداره امور آن و نظارت بر حسن اجرای همه فعالیت‌های آن در چارچوب اساسنامه، ضوابط و مقررات مربوط
2. تنظیم سازمان اداری و تشکیلات «مؤسسه» و پیشنهاد آن به هیأت امناء برای تأیید و طی مراحل قانونی
3. صدور احکام استخدام، انتصاب، ترفیع، ارتقاء، مأموریت، اخراج و ... اعضای هیأت‌علمی و کارمندان «مؤسسه» در چارچوب قوانین و مقررات مربوط
4. انتخاب، انتصاب و عزل معاونان، مشاوران و مدیران «مؤسسه» بر اساس سازمان اداری و تشکیلات مصوب «مؤسسه»
5. امضای قراردادها، اسناد تعهدآور، اسناد مالی، اداری و مکاتبات «مؤسسه» در چارچوب ضوابط و مقررات مصوب
6. افتتاح حساب‌های بانکی مورد نیاز «مؤسسه» و معرفی دارندگان حق امضاء مجاز با رعایت قوانین و مقررات مربوط
7. تنظیم بودجه سالیانه و تفصیلی «مؤسسه» و پیشنهاد آن به هیأت امناء برای تصویب و طی مراحل قانونی
8. تنظیم آیین‌نامه‌های مالی- معاملاتی، اداری، استخدامی و تشکیلاتی «مؤسسه» و همچنین تغییر و اصلاح آنها طبق ضوابط و مقررات مربوط و پیشنهاد آن به هیأت امناء برای طی مراحل قانونی
9. تنظیم آیین‌نامه‌های سفرهای علمی، بورس‌های تحصیلی و فرصت‌های مطالعاتی در چارچوب ضوابط و مقررات مربوط و ارائه به شورای پژوهش و فناوری «مؤسسه» برای تصویب در هیأت امناء
10.  ارائه گزارش عملکرد سالیانه «مؤسسه» به هیأت امناء و «وزارت»
11.  تدوین برنامه راهبردی مؤسسه و پیشنهاد تأسیس و انحلال گروه‌های پژوهشی و فناوری به شورای پژوهش و فناوری و هیأت امناء «مؤسسه»
12.  استیفای منافع و حفظ حقوق «مؤسسه» در مراجع قانونی (اعم از قضایی، اجرایی، اداری و ...) به نمایندگی از «مؤسسه» شخصاً و یا به وسیله وکیل با حق توکیل غیر تا یک درجه
13.  اجرای مصوبات شورای سیاست‌گذاری و راهبری، هیأت امناء و شورای پژوهش و فناوری «مؤسسه» در چارچوب قوانین و مقررات مربوط

تبصره 15: رئیس «مؤسسه» می‌تواند بخشی از وظایف و اختیارات اداری و مالی خود را با حفظ مسئولیت خویش و رعایت قوانین و مقررات مربوط، به معاونان و مدیران «مؤسسه» تفویض کند.

ماده 17– «مؤسسه» از نظر مالی-معاملاتی تابع آیین‌نامه مالی-معاملاتی است که به تصویب هیأت امناء و تأیید وزیر علوم، تحقیقات و فناوری می‌رسد.

ماده 18 – فضا، امکانات و تجهیزات مؤسسه باید مطابق با ضوابط «وزارت» باشد.

ماده 19- نحوه گزینش داوطلبان عضویت هیأت‌علمی «مؤسسه» طبق آیین‌نامه هیأت‌عالی جذب اعضای هیأت‌علمی و کمیته‌های مربوطه خواهد بود.

ماده 20– «مؤسسه» تابع تمامی قوانین و مقررات مربوط و ضوابط و آیین‌نامه‌های مصوب «وزارت» و سایر مراجع ذی‌صلاح است.